清代诸罗县志则叙述阿里山为「离县治十里许,山广而深峻…」未明确指出阿里山之名。另根据日本人安倍明义的著作《台湾地名研究》书中认为诸罗平埔族人与凤山平埔族人的语音相近,凤山平埔族称阿里山区的生番为「Karii」,流传到诸罗平埔族便以「Arii」同音讹传称呼之。
1899年2月,嘉义办务署石田常平氏依山胞传闻,查访发现阿里山桧木原始森林。
1900年6月12日,日本政府派小西成章、小笠原富二郎、小池三九郎及石田常平等人展开调查阿里山森林,据调查约有30万株的原始桧木林遍及整个阿里山区,从此开启阿里山天然森林资源的滥觞。
1906年11月,小笠原富二郎发现包括今之阿里山神木的神木群。
1945年9月,第二次世界大战结束,10月25日台湾光复,日本归还台湾,阿里山事业区持续三十余年的伐木工作,其天然的红桧、扁柏等珍贵树种几已被砍伐殆尽。
1963年,为保护天然资源,林务局将阿里山、玉山一带39600余公顷的国有林地,编为「阿里山森林游乐区」并拟定计画逐年编列预算整建及维护。
1975年,台湾省政府将「阿里山风景特定区」更名为「阿里山森林游乐区」。
1976年3月1日,行政院核定「阿里山森林游乐区计画」面积175公顷。同年11月9日阿里山发生森林火灾,将沼平火车站前的店铺、民居、旅社等大部分烧毁,火灾迹地的旧社区,依照阿里山森林游乐区核定计画改为「自然公园」(即今之梅园),并广植花木、辟建步道供大众游憩。灾民并依阿里山整建计画,搬迁至第四分道(即今之中正村商店旅社区、中山村住宅区等),由林务局兴建商店、旅社、住宅,再依阿里山搬迁整建计画规定,办理租用予以安置,林务局员工则分配于香林村之宿舍。
1995年台湾省政府核定「阿里山森林游乐区计画」,面积1400公顷,由林务局嘉义林区管理处负责经营、管理、服务工作。
1999年林务局改隶农委会为中央机关,仍负责阿里山森林游乐区之经营管理、规划建设及游客服务工作,但名称改为「阿里山国家森林游乐区」。
2001年7月阿里山国家森林游乐区纳入阿里山国家风景特定区(台湾第八座)计画范围。