藏经阁，藏语称“独肯纯巴西康”，位于旧城，属国家级文物保护单位。始建于清雍正二年（1724年），咸丰三年（1853年）重修。同治八年（1869年）毁于兵燹。光绪八年（1882年）捐资重修，1983年又维修主殿楼，现已修复如旧，成为藏民议事、集会及举办各种藏传佛教活动的场所。游览藏经堂，首先是其整体建筑形式为汉藏合壁：外观呈古朴汉式楼阁，内为典型藏式佛殿。门西边山壁上绘有藏传佛教四大金刚，绘工极精美且富丽。室内墙上保留有清代藏族艺人所绘壁画，线条流畅，色彩绚丽，它以藏式宗教画为主体，兼收汉、白、纳西绘画特色，是其他藏区罕见的文化交融现象。
1936年，红军第二方面军长征路过中甸。贺龙、肖克等将司令部设于藏经堂。有此一段佳话，藏经堂备受各方呵护。现已由宗教、旅游部门请活佛高僧在此举行香格里拉宗教音乐法会，并定期向游客开放。